Mặc dù chiến thắng Nhật Bản có nghĩa là các hoạt động tấn công chống lại Nhật Bản chấm dứt, nhưng nó chỉ là sự bắt đầu của sự chiếm đóng lâu dài Nhật Bản. Yakutat vẫn ở vịnh Chimu trong suốt tháng 8 và hầu hết tháng 9 năm 1945, trước khi tàu rời khỏi vùng biển Nhật Bản vào ngày 20 tháng 9 năm 1945 với nhiệm vụ hộ tống USS St. George (AV-16).[1]

Trên đường đi, hai máy bay thủy phi cơ bắt kịp Lực lượng đặc biệt 56.4.3 của Phó Đô đốc Jesse B. Oldendorf, được hình thành xung quanh các tàu USS Tennessee (BB-43) and USS California (BB-44) và trở thành Lực lượng đặc biệt 56 và sau đó, khi được đặt tên lại là Lực lượng đặc biệt 51.[1]

Yakutat đã đến Wakayama, Honshu vào ngày 22 tháng 9 năm 1945, tìm kiếm việc cung cấp hậu cần cho thủy phi cơ của tàu USS Floyds Bay (AVP-40) đã và hoạt động như một tàu kiểm soát thủy phi cơ. Yakutat đã trải qua một thời gian ngắn trước khi bắt đầu các hoạt động bảo dưỡng máy bay biển của tàu tại Wakayama. Tàu đã hoạt động như một tàu kiếm soát sử dụng cảng Wakayama cho đến ngày 12 tháng 10 năm 1945, khi tàu chuyển sang khu vực Seto, nơi tàu đã thực hiện việc cung cấp hậu cần cho các thủy phi cơ và các hoạt động kiểm soát hải quân cho một ít hơn một tháng.[1]

Được tiến hành từ ngày 14 tháng 11 năm 1945, Yakutat đến căn cứ quân sự Sasebo vào ngày 15 tháng 11 năm 1945 và ở đó cho đến ngày 19 tháng 11 năm 1945.[1]

Vào ngày 19 tháng 11 năm 1945, Yakutat khởi hành từ Sasebo đến Hoa Kỳ với 58 sĩ quan và 141 vận hành như là hành khách. Sau khi dừng tại Midway để nạp nhiên liệu vào ngày 27 tháng 11 năm 1945, tàu tiếp tục hành trình đến Tây Bắc Thái Bình Dương.[1]